Những sinh vật khổng lồ bí ẩn được gọi là “Ryū no Shippo” (Đuôi rồng) xuất hiện khắp thế giới. Do sự nguy hiểm mà nó có thể mang lại, Trung đội Keroro đã thực hiện một cuộc nghiên cứu trên toàn thế giới về Đuôi rồng, nhưng Tamama đột ngột biến mất trong quá trình nghiên cứu. Vì điều này, cả trung đội bắt đầu cuộc tìm kiếm Tamama và kết thúc ở Mont-Saint-Michel, Pháp, nơi họ gặp cô gái bí ẩn tên Sion, người nắm giữ Ryū no Hon (Cuốn sách rồng) bí ẩn. Nhưng họ biết rất ít về những bí mật về cô ấy và thảm họa toàn cầu sẽ hủy diệt toàn bộ thế giới, như họ biết…