Bộ truyện này có những vấn đề tương tự như anime Danganronpa đầu tiên. Các nhân vật của nó nhàm chán, chỉ có một hoặc hai đặc điểm có thể xác định được, và câu chuyện thì rất gấp gáp. Thêm vào đó, Despair-arc tự nó chẳng là gì cả. Nó được dùng để giải thích và hồi tưởng cho câu chuyện chính (Future-arc).
Chisa Yukizome bắt đầu công việc của mình với tư cách là giáo viên chủ nhiệm cho các học sinh Ultmate khóa 77 của Học viện Hope*s Peak. Trong khi đó, Hajime Hinata, một học sinh của Khóa dự bị của trường dành cho những học sinh không có tài năng, chuẩn bị trải qua một thí nghiệm để biến cậu thành Niềm hy vọng tối thượng. Tiếp theo là một loạt các sự kiện bi thảm dẫn đến sự ra đời của Tàn dư của sự tuyệt vọng và việc thực hiện “Sự kiện lớn nhất, khủng khiếp nhất, bi thảm nhất trong lịch sử loài người.”